An die Grundstufe schließt sich für alle Schüler*innen die fünfjährige Hauptstufe an, die sich aus den Klassen 5 – 9 zusammensetzt. Sowohl in der Grundstufe als auch in der Hauptstufe werden die Schüler*innen nach dem integrativ-kooperativen Schulkonzept unterrichtet.
Nach der Hauptstufe endet für die Schüler*innen, die nach den Bildungsgängen SBBZ Förderschwerpunkt Lernen und Haupt- bzw. Werkrealschule unterrichtet werden, in der Regel die Schulzeit an der Martinsschule. Sie wechseln dann für berufsvorbereitende Maßnahmen oder eine weitere schulische bzw. berufliche Ausbildung an andere Einrichtungen.